Após o fracasso de Shao Kahn em conquistar a Terra, o deus caído Shinnok - ao observar todos os eventos de Netherrealm - pede ajuda ao feiticeiro Quan Chi para fugir do inferno e tomar seu lugar como deus Ancião e invadir a Terra.
Os guerreiros pensavam que finalmente a Terra estava em paz e esteve por um breve período. Mas, ao descobrir das intenções de Shinnok, Raiden - que o monitorava à distância - convoca novamente os guerreiros da Terra para um novo Mortal Kombat. Shinnok reúne os guerreiros falidos, como Reptile e Jarek, membro do clã mercenário Black Dragon de Kano, Noob Saibot que o ajudava em Netherrealm e alimenta ainda mais o ódio de Scorpion por Sub-Zero, que por sua vez está pacificado com os humanos.
Além disso, Shinnok recebe a ajuda de Tanya, filha de um embaixador de Edenia e o ajuda a invadir a terra de Sindel e Kitana. Reiko, um dos generais mais fiéis a Shao Kahn também ajuda o deus caído na promessa de se tornar o novo Imperador.
Sem as regras do Mortal Kombat, a luta tinha que ser travada para impedir que Shinnok conquiste a Terra através de seu amuleto mágico. Por isso, Liu Kang e os aliados Johnny Cage, Jax, Sonya, Sub-Zero e Kai são enviados a Netherrealm para encontrar e deter Shinnok e Quan Chi. Ao lado deles, Fujin, deus do Vento, se alia aos guerreiros para destruir e se vingar de todos os deuses mortos por Shinnok.
Em Mortal Kombat Gold, a versão de MK4 para Sega Dreamcast, Kitana consegue escapar da prisão em que estava por matar Mileena em combate. Mileena é ressuscitada por Shinnok, que a torna comandante do seu exército juntamente com Baraka. Kung Lao aparece para ajudar seus amigos e Cyrax é enviado para matar Sub-Zero, porém vigiado por Sektor. Em ambas as versões, Goro é o subchefe sem razão expressa.
Personagens
Jax Briggs (John Parrish) - Após investigar o desaparecimento de Sonya Blade, Jax se vê no meio de uma guerra que ameaça seu mundo e tudo o que conhece.
Sonya Blade (Kerri Hoskins) - Membro da Special Forces e parceira de Jax.
Raiden (Carlos Pesina) - Deus do Trovão. Retorna a Earthrealm após a derrota de Shao Kahn para enfrentar Shinnok e defender seu reino e os Deuses Anciões.
Reptile (John Turk) - General de Shinnok responsável pela morte de milhões de vidas.
Johnny Cage (Chris Alexander) - Morto durante a ameaça de Shao Kahn, testemunha seus amigos em uma perigosa batalha. Então, pediu ajuda a Raiden para poder descer dos Céus e enfrentar Shinnok ao lado dos guerreiros do Plano Terreno.
Scorpion (John Turk) - Trazido de volta da morte por Quan Chi para servir Shinnok. Contudo, Scorpion só tem em mente matar Sub-Zero, que considera responsável pela morte de sua família e clã.
Sub-Zero(John Turk) - Após a invasão de Shinnok, Sub-Zero volta a vestir as roupas de seu irmão para proteger Earthrealm ao lado de Raiden e seus aliados, enquanto tenta se defender de Scorpion.
Liu Kang (Joshua Y. Tsui) - Após fracassar ao tentar salvar Kitana de Quan Chi, retorna a Earthrealm para reunir os guerreiros mais poderosos do reino e enfrentar Shinnok.
Goro (Animação) - Após sua morte nas mãos de Johnny Cage durante o torneio de Shang Tsung, faz um pacto com Shinnok para poder voltar a vida e se vingar do ator que tirou seu título de campeão do Mortal Kombat
Noob Saibot - Espionava Shao Kahn para Shinnok, agora junta-se ao seu mestre para enfrentar as forças do Plano Terreno.
Meat (Animação) - Personagem secreto.
Personagens Novos
Kai (Sultan Uddin) - Membro da White Lotus e aluno de grandes mestres da Ásia. Ajuda Raiden a enfrentar Shinnok.
Jarek (Herman Sanchez) - Supostamente o último membro da clã Black Dragon. É forçado por Sonya Blade a lutar contra Shinnok.
Quan Chi (Richard Divizio) - Aquifeiticeiro e braço direito de Shinnok.
Tanya (Lia Montelongo) - Filha do Embaixador de Edenia, permite que Shinnok invade Edenia involuntariamente. Agora, é forçada a servir Shinnok.
Fujin (Anthony Marquez) - Deus do Vento, alia-se a Raiden como um dos últimos deuses da Terra para vingar a morte de todas as outras divindades mortas por Shinnok.
Reiko (Ed Boon) - Mais um general de Shinnok.
Shinnok (Steve Beran) - Antigo Deus Ancião. Após derrotar o regente de Netherrealm e escapar de seu confinamento, planeja contra Raiden e os Deuses Anciões.
